Mise en place d’une bibliothèque de spectres infrarouges de bactéries sulfato-réductrices et thiosulfato-réductrices

Optimization of experimental conditions for the installation of an infrared spectra library for the characterization of sulfato and thiosulfato-reducing bacteria

Corrodys, Équipe de Recherche en Physico-Chimie et Biotechnologies (ERPCB) EA 3914, IUT Caen/UFR Sciences, Université Caen Basse Normandie, 14032 Caen Cedex, France

Auteur de correspondance : N.Boudaud@iutcaen.unicaen.fr

Reçu : 23 Février 2006
Accepté : 27 Février 2006

Résumé

La présence de certaines bactéries au sein d’un biofilm peut soit accélérer un processus de corrosion déjà établi, soit créer des conditions favorables à son élaboration. Les microorganismes considérés à ce jour comme les plus agressifs pour les matériaux métalliques en milieu marin sont les Bactéries Sulfato-Réductrices (BSR) et Thiosulfato-Réductrices (BTR). Des travaux préliminaires ont montré les potentialités de la spectroscopie InfraRouge à Transformée de Fourier (IRTF) pour la discrimination de ces 2 groupes. La réalisation d’une bibliothèque de spectres de référence nécessite la mise en place de conditions de cultures standardisées communes à l’ensemble de la flore étudiée. Une première bibliothèque spectrale incluant 6 BSR et 6 BTR de collection a été élaborée. La classification hiérarchique de ces 12 souches permet d’obtenir 3 clusters distincts (un de BSR, un de BTR et un mixte), et de discriminer l’ensemble de ces souches au niveau genre (11 souches sur 12) et au niveau espèce (12 souches sur 12). Dix souches isolées de l’environnement ont été testées sur cette bibliothèque, et un début d’identification a pu être proposé. L’enrichissement de la base de données initiée sera poursuivi pour améliorer les capacités d’identification des bactéries sulfurogènes isolées de l’environnement marin.

Abstract

The presence of particular bacteria strains in biofilms can accelerate corrosion process or induce auspicious corrosion conditions. Bacteria most often described to be aggressive against metallic materials are Sulfato and Thiosulfato Reducing Bacteria (SRB and TRB). Preliminary studies showed the potentialities of Fourier Transform InfraRed (FTIR) Spectroscopy for the discrimination of these two groups. The realization of a reference spectra library requires the working out of common standardized culture conditions for the whole flora studied. A first spectra library including 6 SRB and 6 TRB collection strains was achieved. Hierarchical cluster analysis of the spectra of these twelve strains allows to obtain three distinct clusters (SRB, TRB and mixed cluster), and to discriminate these strains at the genus level (11 out of 12) and at the species level (12 out of 12). Ten strains isolated from the environment were tested on this spectra library. The enrichment of the database will enable us to carry on the identification of higher number of wild SRB and TRB strains.